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对于做肿瘤研究的小伙伴来说,TCGA数据库大名不可不谓如雷贯耳。其中收录了超过11000位患者、33种肿瘤及配对正常组织的高通量芯片或测序数据,包括10种罕见肿瘤,无疑是一座巨大宝库。并且TCGA部分数据对外开放,免费获取,足够大家折腾。
信号通路一直是基础科研的精粹所在,而掌握通路浩瀚数据的钥匙就是KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。KEGG——京都基因与基因组百科全书,是日本京都Kanehisa Laboratories根据文献证据手工整理的一个庞大数据库(包括信号通路、基因、疾病、药物等)
肿瘤,一直以来都是科研者坚持不懈的攻关对象,近年来该领域更是老树新花惊喜不断。在肿瘤研究中,Oncomine是首要的样本数据库,目前Oncomine中虽然已经收录了715个数据集,包含了86000+个样本的芯片数据。

在经过系统梳理医学科研的整体方法论之后,蓦然发现,其实miRNA才是当之无愧的新手之友,进行miRNA的靶基因预测可以说是寻找相互作用的靶基因准确率最高的办法。TargetScan可以根据miRNA或者靶基因名称,运用生信技术来预测miRNA靶基因,也可以通过靶基因来预测miRNA。

StarBase与TargetScan类似,也是用生物信息学来预测靶基因和miRNA。只需要在几个数据库中输入miRNA名称,即可输出预测靶基因结果,将多个数据库的预测结果取交集,再结合细胞株中过表达miRNA之后,这些靶基因是否具有下调趋势的结果,即可锁定一组直接作用分子。
NCBI-Gene是一个可检索的基因注释数据库,主要收录已完成测序的基因组,其收录的注释信息包括基因的命名、染色体定位、基因产物及其属性、相关标记、表型、相互作用等。
Ensembl是美国Wellcome基因会和欧洲生物信息学研究所共同协作运营的一个项目,开发一个能够对真核生物基因组自动注释和维护的工具。除了提供序列信息外,还有比较基因组学、变异、表达、调控等数据,是个非常强大的多功能综合性数据库。
UniProt是目前收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库,UniProt数据库中蛋白质注释了包括GO功能分类和KEGG信号通道、亚细胞定位、蛋白相互作用关系、3D结构、家族性功能域、组织表达分布等非常全面的信息,与其他基因蛋白质等多种数据库交叉关联是蛋白质研究必用的数据库网站,通过简单检索用户即可获得感兴趣的蛋白质序列和功能等全面的信息。
LNCipedia是一个lncRNA的综合数据库,收录了120353条来源于不同数据库或研究的人源lncRNA转录本信息,还有一些如蛋白质编码潜力、基因座保守性等统计数据。
The Eukaryotic Promoter Database,EPD(真核启动子数据库)是注释了的非冗余真核RNA聚合酶II启动子的集合,其转录起始位点已经通过实验确定。通过指向核苷酸序列条目中的位置来提供对启动子序列的访问,条目的注释部分包括对起始站点映射数据的描述,对其他数据库的交叉引用以及参考书目。该数据库包含来自多种物种的4806个启动子数据,用户只需要输入基因名称即可检索到对应的启动子详细信息。
miRBase数据库是可用于检索已经发布的miRNA序列和注释信息,数据库中的每个miRNA条目都包括miRNA转录物的预测发夹部分与成熟miRNA序列的位置和序列信息,所有的序列和注释数据信息可免费下载使用,对于新发现的miRNA,miRBase数据库可在发表前提供用户唯一有效的miRNA名称。
NONCODE是一个比较全面的非编码RNA注释数据库,不仅仅是提供了lncRNA的基本信息,还有表达谱、外泌体表达谱、保守性信息、功能预测和疾病关系等高级信息。收录了17个物种的354855个lncRNA基因,包含548640条转录本,其中人类基因96308个,转录本172216条。
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