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浙江大学蛋白质组学专题研习班(第三期)

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来源:生物通


各高校及相关科研单位:

    蛋白质组学研究是生命科学的新兴前沿领域,是生命科学进入后基因组时代的标志之一。蛋白质组学不仅是基因组研究逻辑上的延续,也是基因组生物学意义上的拓展与深化,是系统生物学研究重要的组成部分。蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础,也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。

      近年来,随着蛋白质组学、生物信息学与质谱分析技术的快速发展,诞生了一系列与蛋白质相关的数据库资源及生物信息学分析工具,在研究蛋白质的鉴定、结构分析与模拟、蛋白与核酸相互作用、与蛋白-蛋白相互作用、分子对接,乃至分子相互作用网络等各个层面为科学研究提供助力。

      为进一步帮助广大科研工作者快速掌握提升蛋白质组学原理、实验设计以及后期数据分析技能,浙江大学历经16年的“基因组科学研习班”品牌项目原班人马联合浙江大学多位长期从事蛋白质组学研究的一线科研领军人才倾情推出“蛋白质组学专题研习班”,通过理论授课与上机实践相结合的方式,每人一台PC机,紧随大屏幕演示“跟我学”操作。

培训内容:蛋白质组学背景介绍、质谱分析基础、蛋白组学实验基础与思路、蛋白质组学数据处理、TPP蛋白质组学数据处理、MaxQuant蛋白质组学数据处理、蛋白质组学功能数据的挖掘、蛋白质组学论文发表技巧等。
培训时间:2018年5月16日至20日(16日为报到日,17日起上课)。
培训对象从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生。
培训地点:浙江大学圆正文景酒店(杭州市凯旋路431号)。

注册方式:
          ① 培训费:4200元/人(仅包含注册费、资料费、上机实践费)。 培训期间食宿自理,会务组可帮助预定。
② 缴费方式(指定账号)
             账户名称:浙江大学
             账户号(开户行):19042201040000014(农行杭州市浙大支行紫金港分理处)
             汇款用途处写明:姓名+上机号(由会务组在回执确认函中提供)
③ 会务组联系方式:
             代成林 0571-88206579(固) 18757558672(移)   daichenglin@zju.edu.cn
余志扬 0571-88206579(固) 15257133716(移)   yuzhiyang@zju.edu.cn
填写报名表并于报到前发送至genetrain@zju.edu.cn上机实践由会务组提供机位,无需自带电脑。如有其它要求,请在备注中说明。
④ 非汇款学员可现场刷卡(含公务卡)或现金交纳                

蛋白质组学专题研习班第三期课程安排

报告人

5月16日
               (2018年)

 

杭州 浙江大学圆正文景酒店(凯旋路431号)总台报到(详见报到通知)

17日
                 (周四)

08:30~11:30

蛋白质组学背景介绍

  • 系统生物学与蛋白组学发展史

  • 蛋白组的复杂性与动态变化特征

  • 蛋白组学研究展望

高其康  教授

13:30~16:30

质谱分析基础

  • 质谱技术发展与常见质谱类型简介

  • 质谱数据采集与谱图解析

  • 多肽的质谱定性定量分析

潘远江  教授

18日
                 (周五)

08:30~11:30

蛋白组学实验基础与思路

  • 常见比较蛋白组学流程与设计思路

  • 常见样本处理流程

  • 特殊样本的处理流程

  • 标记与非标记策略

  • 多肽的分级与分离

  • 其他样本处理策略

徐幼平  高工

13:30~16:30

蛋白质组学数据处理

  • 数据处理流程概括

  • 库检索软件

  • 数据统计分析

  • 常见数据库的利用

  • 生物学信息学挖掘

孙泽宇  副研究员

19日
                 (周六)

08:30~11:30

TPP蛋白质组学数据处理(上机实践)

  • 质谱原始数据的格式转换

  • X!tandem与Comet搜库

  • 利用PeptideProphet进行打分统计

  • 利用iProphet进行混合计算

  • Libra设置与iTRAQ定量

  • 利用ProteinProphet进行蛋白组装与定量

  • 结果查看与导出

马莹莹  工程师

13:30~16:30

MaxQuant蛋白质组学数据处理(上机实践)

  • MaxQuant软件及数据处理流程介绍

  • LFQ、iBAQ、谱图计数法非标定量

  • SILAC标记定量

  • TMT标记定量

  • 结果查看与导出

  • Persues统计处理与可视化

江静 副研究员

20日
                 (周日)

08:30~11:30

蛋白质组学功能数据的挖掘(上机实践)

  • 聚类分析与主成分分析

  • GO与通路分析

  • 基于String数据库的互相作用分析

  • 基于Cytoscape的互相作用可视化

刘  杰  博士

13:30~16:30

蛋白质组学论文发表技巧

  • 数据的上传与分享

  • MCP等杂志的共享要求

  • IproX数据库的上传

  • 蛋白组学文章结构,注意事项,案例分析

  • 高影响因子文章中蛋白组学的应用

孙泽宇  副研究员

本课表仅供参考,课程顺序以报到当天发放课表为准。

培训班主要师资简介

高其康  浙江大学教授、浙江加州国际纳米技术研究院总工程师,浙江大学分析测试中心生物大分子研究室主任,目前主要从事蛋白质组学、功能基因组、生物医药、转基因安全评价等方面的研究,在cDNA文库、DNA序列测定、大规模EST研究、生物信息数据挖掘的软件开发和数据分析、基因芯片的研制、基于功能基因组学的转基因生物安全评价、过敏原检测试剂的开发、特殊功能蛋白等领域具有丰富的理论和技术的实战经验。近年主持或主要参加国家“863”计划、国家自然科学基金重点和面上项目10余项。获省、部级科技进步一等1项,二等奖1项。申报发明专利10余项。

潘远江 浙江大学教授、浙江加州国际纳米技术研究院环境创新监测技术联合实验室首席科学家,兼任中国化学会有机分析专业委员会副主任委员,中国化学会质谱分析专业委员会副主任委员,中国质谱学会常务理事。长期致力于有机分析与生物分析以及有机质谱等方面的研究,作为通讯作者,迄今发表SCI论文近200篇,影响因子大于3的60余篇。主持了多项国家自然科学基金项目,2000年入选浙江省杰出青年人才培养计划,2006年入选教育部新世纪优秀人才培养计划,2010年获批国家杰出青年基金。

孙泽宇 浙江大学传染病诊治国家重点实验室蛋白质组学平台负责人,浙江加州国际纳米技术研究院特聘副研究员。2011年获美国科罗拉多州立大学化学工程博士学位。2012年浙江大学博士后工作期间组建了国际领先的蛋白组学研究平台,研究方向为生物质谱检测方法的开发,临床蛋白/代谢组学应用及疾病预警、诊断、预后标志物研发。熟悉各类质谱平台,标记定量,非标定量,DIA和靶向定量(MRM,PRM)等蛋白组学关键实验技术。熟悉各种蛋白组生物信息学软件和多组学大数据统计流程。已于J Proteomics、Proteomics、Anal Biochem、OMICS、Anal Chem、Mol Cell Proteomics等杂志上发表9篇蛋白组或代谢学类SCI文章,以及国际会议论文3篇。先后主持或参与国家重点研发计划、中国博士后基金、国家自然科学基金青年基金、浙江省医药卫生科技计划各多项。现任浙江省分析测试协会细胞生物与生化分析专委会委员。

江静 浙江大学传染病诊治国家重点实验室蛋白质组学平台技术骨干。2013年毕业于北京蛋白质组研究中心(国家蛋白质科学中心•北京)。2013年加入浙江大学开展工作,主要研究方向为蛋白质组学及蛋白质翻译后修饰研究。熟悉各类质谱平台,高通量蛋白质组规模化鉴定,标记与非标定量,SWATH与DIA非靶向定量、MRM/PRM靶向定量,以及蛋白质翻译后修饰研究等蛋白组学关键技术。熟悉多种蛋白组生物信息学软件和多种组学大数据分析流程。先后以第一或共同第一作者在Gut、Mol Cell Proteomics、Anal Biochem等杂志发表文章5篇,参与发表其他SCI论文10余篇。先后参与国家重大专项、国家重点研发计划、国家自然科学基金,浙江省重点研发计划等,主持浙江省分析测试项目。


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